As usinas Iracema e São Martinho renovaram, em 2012, o certificado Etanol Verde do Protocolo Agroambiental.  A iniciativa de adesão voluntária estabelece uma série de princípios e diretivas técnicas de natureza ambiental a serem observadas pelas indústrias da cana de açúcar. Entre os pontos principais está a antecipação dos prazos legais para o fim da colheita com uso prévio do fogo.

A Usina São Martinho foi uma das primeiras das mais de 140 usinas do estado paulista a aderirem o protocolo e a receber o certificado. Hoje, no total, são 156 usinas certificadas. O Grupo São Martinho está em conformidade desde 2008, renovando anualmente o seu certificado.

Assinado em junho de 2007, o Protocolo Agroambiental teve como idealizadores a UNICA (União da Indústria de Cana-de-açúcar), representando a indústria paulista produtora de açúcar, etanol e bioeletricidade, e o Governo do Estado de São Paulo.