A Usina Santa Cruz é uma das empresas brasileiras do setor sucroenergético pioneiras em investir na qualidade de seus processos. Entre as iniciativas que a diferenciam está o seu Sistema de Gestão Integrado, responsável pela Gestão da Qualidade e Gestão Ambiental de todos os processos da unidade.

Recentemente, o sistema teve as certificações ISO 9001:2015 e ISO 14001:2015 mantidas. A recomendação foi feita após o processo de auditoria de supervisão do sistema realizado pela Fundação Carlos Alberto Vanzolini.

Dois auditores estiveram na unidade entre os dias 01 e 03 de outubro. Eles avaliaram e concluíram que o escopo do sistema de gestão, que reúne a produção e comercialização de açúcar, etanol, levedura e energia elétrica, a produção de cana-de-açúcar e também a cogeração de energia elétrica, está aderente às normas das certificações. A auditoria não encontrou nenhuma não conformidade e também não fez observações no relatório de auditoria.